Zoo Tycoon 2, a diferencia de su predecesor, Zoo Tycoon, tiene tres modos diferentes de juego: 1)Campaña: Es un modo de juego que nos lleva a completar campañas, cada una con escenarios con objetivos distintos, donde es indispensable ganar fama para disponer nuevos animales y objetos, y son más difíciles conforme avancemos, aquí se encuentran los tutoriales del juego. Conforme terminemos las campañas, desbloquearemos artículos nuevos para el zoo en el resto de los modos del juego.
Desafíos: Un nuevo modo, similar al de Campaña, pero se tiene la libertad de elegir los desafíos, e irlos completando para recibir diversas recompensas, también se desbloquean otros objetos, los objetos temáticos, un grupo de objetos con temática de Safari en la Sabana y la Jungla que es la Selva.
Modo libre: El Modo preferido de los jugadores, ya que se tiene todo disponible al principio menos el contenido desbloqueable